Puesto Determinado como de Libre Designación por el Comité Técnico de Profesionalización y autorizado por la Secretaría de la Función Pública (Art. 91 Reglamento de la LSPC 7/09/2007)
| No. | PUESTO | ADSCRIPCIÓN |
| 16 | DIRECCIÓN GENERAL DE INFORMACIÓN EN SALUD | DIRECCIÓN GENERAL DE INFORMACIÓN EN SALUD |
| 15 | DIRECCIÓN GENERAL DE PLANEACIÓN Y DESARROLLO EN SALUD | DIRECCIÓN GENERAL DE PLANEACIÓN Y DESARROLLO EN SALUD |
| 14 | DIRECCIÓN GENERAL DE DESARROLLO DE LA INFRAESTRUCTURA FÍSICA | DIRECCIÓN GENERAL DE DESARROLLO DE LA INFRAESTRUCTURA FÍSICA |
| 13 | DIRECCION GENERAL DE RECURSOS HUMANOS Y ORGANIZACION | DIRECCION GENERAL DE RECURSOS HUMANOS Y ORGANIZACION |
| 12 | DIRECCIÓN GENERAL DE RECURSOS MATERIALES Y SERVICIOS GENERALES | DIRECCIÓN GENERAL DE RECURSOS MATERIALES Y SERVICIOS GENERALES |
| 11 | DIRECCIÓN GENERAL DE TECNOLOGÍAS DE LA INFORMACIÓN | DIRECCIÓN GENERAL DE TECNOLOGÍAS DE LA INFORMACIÓN |
| 10 | DIRECCION GENERAL DE PROGRAMACION Y PRESUPUESTO | DIRECCION GENERAL DE PROGRAMACION Y PRESUPUESTO |
| 9 | SECRETARIADO TECNICO DEL CONSEJO NACIONAL PARA LA PREVENCION DE ACCIDENTES | SECRETARIADO TECNICO DEL CONSEJO NACIONAL PARA LA PREVENCION DE ACCIDENTES |
| 8 | DIRECCION GENERAL DE PROMOCION DE LA SALUD | DIRECCION GENERAL DE PROMOCION DE LA SALUD |
| 7 | DIRECCION GENERAL DE COORDINACION DE LOS INSTITUTOS NACIONALES DE SALUD | COMISION COORDINADORA DE INSTITUTOS NACIONALES DE SALUD Y HOSPITALES DE ALTA ESPECIALIDAD |
| 2 | TITULAR DEL OIC | ORGANO INTERNO DE CONTROL |
| 6 | TITULAR DEL AREA DE QUEJAS | ORGANO INTERNO DE CONTROL |
| 5 | TITULAR DEL AREA DE RESPONSABILIDADES | ORGANO INTERNO DE CONTROL |
| 4 | TITULAR DEL AREA DE AUDITORIA PARA DESARROLLO Y MEJORA DE LA GESTION PUBLICA EN EL ORGANO INTERNO DE | ORGANO INTERNO DE CONTROL |
| 3 | TITULAR DEL AREA DE AUDITORIA INTERNA | ORGANO INTERNO DE CONTROL |
| 1 | SECRETARIO DEL CONSEJO DE SALUBRIDAD GENERAL | CONSEJO DE SALUBRIDAD GENERAL |