Fue creado inicialmente en 1942, aunque es a partir de 1978 cuando se establecen los conceptos archivísticos de organización y descripción que permiten su consolidación como uno de los acervos históricos más ricos del país en materia de salud y asistencia pública, los cuales, a la vez, forman parte del patrimonio cultural de la Secretaría de Salud y de México.

Base de datos del Archivo Histórico:  Actualmente cuenta con 1704 registros de las secciones Servicio Jurídico, Subsecretaria de Salubridad Pública y Hospital de San Hipólito de los fondos Salubridad Pública, Secretaría de Salubridad Pública y Hospitales y Hospicios respectivamente.